《九江学院学报（自然科学版）》（季刊）创刊于1986年，是由九江学院主办的学术刊物。本刊立足于反映学院科研与教学成果，致力于自然科协与临床医学的挖掘、创新和交流，使其成为我校科技创新与学术交流的重要窗口。主要栏目：鄱阳湖生态研究、机械电子、计算机科学与技术、数理科学、临床医学、护理学。
《九江学院学报（哲学社会科学版）》（季刊）创刊于1982年，九江学院主办的以反映教学与科研成果为主的综合性学术理论刊物。 《九江学院学报（哲学社会科学版）》其办刊宗旨是企业通过刊物，进一步总结和发表教师科研的最新成果、提高教师素质，提高教育与教学质量，培养合格的社会有用人才；同时，也为了加强校内外的学术交流，繁荣教育事业，促进两个文明建设。本刊坚持邓小平理论、坚持“三个代表”重要思想，贯彻双百方针，提高理论联系实际的水平，提倡学术争鸣，办出刊物特色。获奖情况：首届全国优秀社科学报；江西省优秀期刊奖。